Que tal ILMerge? Já existe há muito tempo e há muitos recursos. Por exemplo, aqui está uma introdução rápida. Além disso, as questões do stackoverflow já cobriram algumas armadilhas comuns, como Mesclando DLL com EXE.

Também é independente do seu ambiente de construção. Você só precisa incorporá-lo ao seu processo de construção.

O ILMerge infelizmente não é perfeito. Por exemplo, ele não suporta a fusão de assemblies WPF. A alternativa é incorporar as bibliotecas como recursos e carregá-las dinamicamente. Por exemplo, veja esta postagem do blog. O contêiner LibZ que o allquixotic mencionou basicamente faz isso.

Para o contêiner LibZ, há outra alternativa, uma que foi testada e eu pensaria seriamente: Fody.Costura

Mono mkbundle pode ser outra alternativa, por favor note que ele produz código nativo. As dependências podem ser vinculadas estaticamente. No Windows, também requer cygwin para ser executado (veja também este tópico do fórum)

LibZ Container instrumenta seu assembly principal com código que descompacta recursos de assembly compactados do arquivo de recursos e os carrega da memória. Ele afirma trabalhar com código de reflexão e também com nomes fortes e não modifica os arquivos de montagem originais de forma alguma, então referências com nomes fortes funcionarão bem.

il-repack satisfaz parcialmente os critérios da resposta, mas infelizmente reempacota os assemblies, o que quebra seu nome forte, portanto, se você depender de assemblies assinados com um nome forte, isso ganhou 't funciona. Ele também não funciona com a maioria dos códigos de reflexão até que os assemblies tenham sido carregados pela classe.